La federació va començar a funcionar, com a delegació, l'any 1954 a Lleida.

Era el seu president el Sr. Àngel Fontbuena. Constituint-se en federació, integrant totes les províncies, l'any 1984.

La seva seu es manté a Lleida i l'actual president és el Sr. Joan Ignasi Rosell.

El primer Campió d'Espanya va ser Joaquim Quimet Larroya el qual va quedar Campió l'any 1961, a Avilés (Astúries). Ningú no el va guanyar en cap distància durant els set anys següents. També va ser el primer piragüista olímpic participant als JJOO de 1960. La primera palista reconeguda va ser Llanitos Marín.

• Des de l'any 1991 la federació compta amb les dues millors installacions del país per practicar les dues modalitats olímpiques: les aigües braves (eslàlom) al canal del Parc del Segre de La Seu d'Urgell i les aigües tranquilles al Canal Olímpic de Castelldefels.
• Cal destacar la participació dels nostres esportistes Olímpics a l'any 1992 a la Seu d'Urgell Pere Guerrero i Marc Vicente. Al any 1996, a Atlanta (USA), Toni Herreros, a l'any 2000 a Los Angeles (USA), Marc Vicente, Toni Herreros i Carles Juanmartí.
• I en aquesta última Olimpíada a Atenes, Damià Vindel (aigües tranquilles) i Carles Juanmartí i Jordi Sangrà (eslàlom).
• Després de l'anterior fornada de palistes va sorgir el palista més important de la història d'aquesta federació. Saül Craviotto i Rivero, palista d'aigües tranquilles del Sícoris Club de Lleida, va aconseguir la medalla d'or en K2 500 metres junt amb el seu company Carlos Pérez Rial als JJOO de Pequín 2008. Guillermo Díez-Canedo del Cadí CK de La Seu d'Urgell fou el representant en K1 home en Eslàlom.
• Actualment la federació compta amb una mitjana de 20 clubs anuals distribuits per tot el territori català i les disciplines estan anomenades en funció de les característiques del medi aquàtic: Aigües Tranquilles, Aigües Braves, Caiac Polo i Caiac de Mar.